Inaugurado em 1965, o Instituto de Educação Presidente Kennedy sucedeu ao Instituto de Educação de Natal que, por sua vez, era oriunda da Escola Normal de Natal, criada em 1908 para prover a formação do professor da rede pública. Em 1971, passou a ser denominada Escola Estadual Presidente Kennedy, oferecendo cursos de primeiro e segundo graus. Em 1994, foi transformado em Instituto de Formação de Professores Presidente Kennedy, com a competência de formar educadores em nível superior e para o ensino fundamental. Em 2001, ganha o nome de Instituto de Educação Superior Presidente Kennedy – Centro de Formação de Profissionais de Educação, passando a funcionar com autonomia administrativa e acadêmica.